yFarseer

Предсказание субкладов Y-SNP по маркерам Y-STR Y-SNP Subclade Prediction from Y-STR Markers

Сырые данные / Raw data

Табличные данные / Table data

Confidence:

Топология / Topology

Press "Predict" to get topology.

О проекте yFarseer

yFarseer — это бесплатный биоинформатический онлайн-инструмент, разработанный для точного предсказания субкладов Y-SNP на основе гаплотипов Y-STR.

В основе сервиса лежит глубокая нейросеть (двухслойный MLP с эмбеддингами маркеров на PyTorch), обученная с применением иерархического скоринга и кастомной функции потерь MaskedBCELoss. Модель учитывает филогенетическое дерево мутаций и оценивает топологию с заданным уровнем доверия (Confidence).

Основные возможности:

Поддержка до 111 стандартных маркеров Y-STR (от DYS393 до DYS435).
Полная совместимость с популярными панелями: FTDNA (Y12, Y25, Y37, Y67, Y111, BigY-500, BigY-700), Yfiler (Y17/Y27), PowerPlex (Y23), Генопоиск (Y50/Y67) и другими стандартными форматами тестов.
Автоматический парсинг сырых данных (Raw haplotype data) из форматов CSV, TSV или обычного скопированного текста.
Разделение маркеров по стандартным панелям (Panel 1–5), включая мультикопийные маркеры (DYS385, DYS459, YCAII, CDY, DYF395S1, DYS413, DYS464).
Построение интерактивной цепочки иерархической топологии субкладов.

About yFarseer

yFarseer is a free bioinformatics web tool designed for accurate Y-SNP subclade prediction from Y-STR markers.

Powered by a deep neural network (PyTorch MLP with marker embeddings), the predictor utilizes a custom hierarchical MaskedBCELoss that accounts for the phylogenetic mutation tree structure, estimating subclade topology at various confidence levels.

Key Features:

Supports up to 111 standard Y-STR markers (from DYS393 to DYS435).
Broad compatibility with commercial & forensic panels: FTDNA (Y12, Y25, Y37, Y67, Y111, BigY-500, BigY-700), Yfiler (Y17/Y27), PowerPlex (Y23), Genopoisk (Y50/Y67), and more.
Parses raw haplotype text data (CSV, TSV, or space-separated tokens).
Handles multi-copy markers (DYS385, DYS459, YCAII, CDY, DYF395S1, DYS413, DYS464) grouped by panels 1 to 5.
Generates an interactive, step-by-step downstream Y-SNP haplogroup chain.